Строительство храма было инициировано в память об окончании Кавказской войны 1864 года и связано с деятельностью великого князя Михаила Николаевича, наместника Кавказа.
Закладка храма состоялась 26 мая 1874 года на территории бывшего Навагинского укрепления в Даховском посаде. Проект храма был разработан московским архитектором Александром Степановичем Каминским. Строительство осуществлялось под руководством статского советника агронома А. В. Верещагина и финансировалось за счёт частных пожертвований, в том числе меценатов Н. Н. Мамонтова и С. И. Мамонтова. Возведение храма продолжалось до 1890 года, а его освящение состоялось 24 сентября 1891 года.
Архитектурно храм выполнен в форме четырёхконечного креста с вытянутой фасадной ветвью. Длина здания составляет 25,6 метра, ширина — 17,1 метра, а высота, включая крест на колокольне, достигает 34 метров. Ветви креста перекрыты сводами, а центр увенчан куполом. В 1992–1994 годах была проведена реставрация, в ходе которой храму был возвращён его первоначальный архитектурный облик.
В 1934 году храм был закрыт и передан под склад. В 1943 году богослужения были возобновлены. В 1981 году здание храма было признано памятником архитектуры и взято под охрану государства. В 1992–1994 годах была проведена реставрация, в ходе которой храму был возвращён его первоначальный архитектурный облик.
