Известный также под названием Свирская церковь, он был построен в 1191–1194 годах при князе Давиде Ростиславиче и служил важным духовным и архитектурным центром Смоленска.
Архитектурно храм представляет собой четырёхстолпный крестово-купольный храм с тремя уровнями света, тремя двухъярусными притворами и высокой полукруглой апсидой. На вторых ярусах размещались хоры, частично сохранившиеся и сейчас. Храм сложен из плиточного кирпича – плинфы, скреплённого известковым раствором. Почти все внутренние стены и своды имели роспись, дошедшую до наших дней лишь в небольших фрагментах. Полы были покрыты поливными керамическими плитами. Наружными и внутренними декоративными украшениями служат пояски, уступчатые ниши, рельефные кресты и бровки из поребрика. Внешнее восприятие церкви характеризуется вертикально устремлённым динамизмом со своеобразным нарастанием архитектурных масс, образовывающих оригинальную башнеобразную композицию.
Во время осады Смоленска польско-литовскими войсками короля Сигизмунда III в 1609–1611 годах враги использовали церковь Архангела Михаила как крепость, а после падения города её превратили в костёл, являвшийся до 1627 года основным местом богослужений для всех католиков. После возвращения Смоленска под власть Российского государства в 1654 году церковь была переосвящена, и в ней продолжились православные богослужения для верующих местного прихода.
В 1812 году храм снова пострадал от завоевателей. Его разграбили солдаты Наполеона, разобравшие все деревянные элементы на дрова. После изгнания неприятеля церковь Архангела Михаила была восстановлена благодаря личному вмешательству российского императора Александра I. Со второй половины XIX века храм, в дополнение к приходскому, выполнял ещё функции арестантского и полкового. Это стало возможным во многом благодаря купцу Василию Хлебникову, отреставрировавшему Свирскую церковь на свои средства, обнёсшему её каменной оградой с надвратной колокольней и открывшему при храме первое в Смоленске училище для бедных и беспризорных детей.
В 1930 году богослужения в Свирской церкви прекратились, и в ней организовали военный склад. Во время Великой Отечественной войны храм удивительным образом почти не пострадал, но всё же нуждался в серьёзной реставрации, которую и провели в 1963 году по проекту архитектора Барановского. Вторую в XX веке реставрацию церковь Архангела Михаила пережила в 1978 году, когда во многом был восстановлен её первоначальный облик и удалены множественные наслоения предыдущих веков.
