Село Зирган было основано в 1771 году на Оренбургском тракте, соединявшем города Уфу и Оренбург.Первоначально в селе была построена деревянная церковь во имя Архангела Михаила, которая являлась одной из первых построек населённого пункта.Храм располагался в центре села, на середине Оренбургского тракта, и служил местом остановки для путешественников, совершавших путь между Уфой и Оренбургом.
15 сентября 1824 года российский император Александр I, проезжая по Оренбургской губернии, посетил храм села Зирган.
В 1894 году деревянная церковь была перестроена в каменную.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, Михаило-Архангельский храм был закрыт, и его здание использовалось для иных целей. К концу XX века здание храма находилось в неудовлетворительном состоянии.
В 1999 году начались работы по восстановлению храма. 20 декабря 2009 года состоялось освящение восстановленного Михаило-Архангельского храма.
В настоящее время Михаило-Архангельский храм является действующим и относится к Салаватской епархии Русской Православной Церкви. При храме функционирует воскресная школа.
В храме хранятся святыни, включая икону с частицей мощей святого благоверного князя Александра Невского, подаренную Петербургской Александро-Невской Лаврой, а также икону Божией Матери «Скоропослушница», написанную и освящённую на Афоне.
