В 1845 году в селе Мыюта был основан Мыютинский стан Алтайской духовной миссии. Первоначально богослужения проводились в походном храме приезжими священниками. В 1873 году на средства православных миссионеров была построена деревянная однопрестольная церковь в честь Архангела Михаила. В 1903–1904 годах храм был значительно расширен и реконструирован. В 1889 году в Мыюте находились стан миссионера, церковь во имя Архангела Михаила, дом миссионера, дома для школы и причетника. Жителей было 391, в том числе инородцев оседлых 247, кочевых 102, русских 42. В послереволюционный период церковь была закрыта, здание использовалось под клуб, а в 1960-х годах было разобрано. В 2011 году на месте старой обители был построен новый деревянный храм, перекрытый высокими клинчатыми кровлями. Чин малого освящения церкви во имя Архангела Михаила был произведен 28 апреля 2011 года. При храме создан музей, посвященный истории Алтайской духовной миссии. Восстановление церковной жизни в этом крае произошло благодаря стараниям праправнучки протоиерея Василия Постникова. По её инициативе и при поддержке руководителя одного из новосибирских предприятий в начале XXI века на месте старой обители отстроили новый храм.
Современное здание храма представляет собой деревянное сооружение, выполненное в традиционном стиле, соответствующем канонам православного храмового зодчества. Архитектура храма гармонично вписывается в природный ландшафт, подчёркивая его духовное значение. Внутреннее убранство храма включает иконостас и другие элементы, необходимые для проведения богослужений.
