Согласно доступным историческим сведениям, строительство храма в селе Малое Ишуткино было инициировано местными жителями в конце XIX века. Основной причиной возведения собственного храма стала потребность населения в месте для отправления религиозных обрядов и проведения богослужений. До этого момента жители села были вынуждены посещать церкви в соседних населенных пунктах, что создавало определенные неудобства.
Строительство храма было завершено в 1898 году. Здание представляло собой деревянную конструкцию на каменном фундаменте, выполненную в традиционном для того времени русском стиле. Архитектурные особенности включали в себя одноапсидную структуру с пятиглавым завершением и отдельно стоящую колокольню. Внутреннее убранство храма отличалось богатым иконостасом и росписями, выполненными местными мастерами.
В период после Октябрьской революции 1917 года и установления советской власти многие религиозные учреждения подверглись закрытию или переоборудованию под различные нужды. Храм Архангела Михаила в селе Малое Ишуткино не стал исключением. В 1930 году здание храма было закрыто, а его помещения использовались для хранения зерна и сельскохозяйственного инвентаря. В этот период значительная часть внутреннего убранства была утрачена или повреждена.
В послевоенные годы здание храма продолжало использоваться не по прямому назначению. Лишь в конце 1980-х годов, с началом политики гласности и пересмотра отношения к религиозному наследию, возникла инициатива по восстановлению храма. Местные жители обратились к районным властям с просьбой о возвращении здания Русской Православной Церкви и проведении реставрационных работ.
В 1991 году здание храма было официально передано Русской Православной Церкви. Начались работы по восстановлению: была проведена реставрация фасада, восстановлены утраченные элементы архитектуры, воссоздан иконостас и внутренние росписи. В 1993 году храм вновь открыл свои двери для прихожан, и в нем возобновились регулярные богослужения.
В последующие годы при храме была организована воскресная школа для детей, а также библиотека с духовной литературой. Храм стал центром духовной жизни села Малое Ишуткино и окрестных населенных пунктов. В 2005 году была проведена реконструкция колокольни, и установлены новые колокола, отлитые на donations прихожан и местных предпринимателей.
