Приход в селе Малая Пурга (ранее Пургинское) Сарапульского уезда был учрежден по указу Святейшего Синода от 25 июня 1858 года. Первоначально богослужения совершались в молитвенном доме. В 1860 году была возведена деревянная церковь с одним престолом, освященная 12 декабря того же года во имя Архистратига Михаила.
К концу XIX века деревянный храм обветшал. Строительство каменного здания по проекту архитекторов И.А. Чарушина и В.М. Дружинина началось в 1894 году. Финансирование осуществлялось за счет пожертвований елабужских купцов И.Г. Стахеева и Ф.П. Гирбасова. Храм был завершен в 1902 году и освящен 3 января во имя Архангела Михаила. Здание выполнено в русско-византийском стиле с пятиглавым завершением, боковыми притворами и шатровой колокольней.
В марте 1930 года храм был впервые закрыт советскими властями, подвергся разорению: разрушен иконостас, разбиты иконы, разобрана ограда. Окончательное закрытие произошло 29 марта 1939 года постановлением Президиума Верховного Совета УАССР. Здание использовалось как клуб, кузница, склад и магазин.
В 1990 году храм был возвращен Русской Православной Церкви. Начались восстановительные работы, в ходе которых были воссозданы утраченные архитектурные элементы, включая пятиглавие и колокольню. В 2008 году при главе муниципального образования «Малопургинский район» был создан Попечительский совет для содействия ремонту и благоустройству храма.