Село Красный Яр было основано в XVIII веке, и с первых лет своего существования жители стремились к созданию собственного храма для обеспечивания духовного окормления. Точные даты начала строительства первой церкви в честь Архангела Михаила неизвестны, однако архивные данные свидетельствуют о её существовании уже в начале XIX века. Первоначально храм был деревянным, что соответствовало традициям того времени и возможностям местного населения.
В середине XIX века, в связи с увеличением числа прихожан и стремлением к более долговечному сооружению, было принято решение о строительстве каменного храма на месте старого деревянного. Строительство нового здания началось в 1856 году и завершилось в 1863 году. Новый храм представлял собой однокупольное сооружение в стиле русско-византийской архитектуры, характерной для того периода. Отличительной особенностью храма стала трёхъярусная колокольня, возвышающаяся над главным входом и придающая зданию величественный облик.
Важную роль в строительстве и развитии храма сыграли местные благотворители и прихожане. Среди них особо выделяется купец первой гильдии Иван Петрович Сидоров, пожертвовавший значительные средства на возведение храма и его благоукрашение. Благодаря его вкладу были приобретены ценные иконы и церковная утварь, а также организована приходская школа при храме, способствовавшая просвещению местного населения.
В советский период, особенно в 1930-е годы, храм Архангела Михаила, как и многие религиозные сооружения, подвергся закрытию. Здание использовалось для различных хозяйственных нужд, что привело к утрате многих элементов внутреннего убранства и частичному разрушению архитектурных деталей. Колокольня была разобрана, а купол повреждён. Несмотря на это, здание храма сохранилось и не было полностью уничтожено, что позволило в последующие годы приступить к его восстановлению.
С возрождением религиозной жизни в России в конце XX века начались работы по восстановлению храма Архангела Михаила в селе Красный Яр. В 1991 году здание было возвращено Русской Православной Церкви, и уже в 1992 году состоялось первое богослужение после длительного перерыва. Восстановительные работы проводились как силами прихожан, так и при поддержке местных властей и благотворителей. Был восстановлен купол, заново отстроена колокольня, воссозданы элементы внутреннего убранства и иконостас.