Официальные документы свидетельствуют, что каменная церковь Архангела Михаила в селе Клевакино была заложена в 1862 году и освящена 6 ноября 1869 года. Строительство храма осуществлялось на средства местных жителей, каждый из которых вносил свой вклад в общее дело. Процесс возведения был коллективным.
Архитектурно храм представляет собой каменное здание с тремя престолами. Главный престол освящен в честь Архангела Михаила, правый придел — во имя мучеников Флора и Лавра, а левый — во имя святителя Митрофана, епископа Воронежского. В 1890 году, с разрешения епархиального начальства, были начаты капитальные перестройки приделов и колокольни. Работы проводились под руководством священника П.А. Левицкого и завершены к 1900 году. В результате реконструкции храм приобрел современный облик с тремя пределами и шестью куполами. Внутреннее убранство было украшено росписями и иконами, выполненными екатеринбургским иконописцем Ивановым.
Однако с началом 1930-х годов, в период проведения антирелигиозной кампании, церковь подверглась закрытию. В 1934 году был запрещен колокольный звон, а 9 июля 1935 года храм был официально закрыт постановлением президиума облисполкома. В период с 1935 по 1965 год в здании церкви размещалась средняя сельская школа, а затем оно использовалось колхозом под складские помещения. В это время здание подвергалось значительным изменениям, утрачивая часть своих первоначальных архитектурных особенностей.
С 1990-х годов начались работы по восстановлению храма. В 1991 году был открыт приход, и с 1993 года начались восстановительные работы. Был отремонтирован один из приделов — во имя Флора и Лавра, и возобновлены регулярные богослужения. В июле 2012 года были установлены новые купола, что символизировало возрождение духовной жизни прихода.
