Первое упоминание о храме в честь Архангела Михаила в селе Исаклы относится к началу XVIII века. Каменная пятиглавая церковь с колокольней была построена на средства прихожан и местного помещика. Храм имел богатое убранство: позолоченные иконы в стенных киотах, многоярусный иконостас, росписи на сводах. Главный колокол весил 107 пудов, малые колокола составляли гармоничный звон. При храме действовала церковно-приходская школа.
В 1930-х годах храм был закрыт. Колокола сняты в 1931 году, при этом главный колокол оказался настолько прочным, что его не смогли разбить сразу. В 1932 году здание церкви начали разрушать. Кирпичи использовали для строительства местной школы, роддома и других учреждений. Церковное кладбище с захоронениями священников и помещиков Шелашниковых было уничтожено.
В 2003 году в селе Исаклы был зарегистрирован новый приход в честь Архангела Михаила. Богослужения начали совершаться в переоборудованном одноэтажном кирпичном здании с двускатной кровлей, увенчанном главкой. Это временное помещение храма расположено в центре села, недалеко от исторического места разрушенной церкви.
В 2010-х годах началось строительство нового каменного храма на месте усадьбы Шелашниковых. Церковь возводится в традиционных формах: четверик с полукруглой апсидой, высокие крыльца, фигурная кровля. В октябре 2018 года на строящемся храме были установлены купола с крестами. Строительство продолжается.