Храм Архангела Михаила в селе Черниговка Задонского района Липецкой области был построен в 1803 году. Здание выполнено в стиле классицизма, с каменной колокольней. В середине XIX века приход насчитывал около 1000 душ, а земельные владения храма составляли 33 десятины пахотной земли. В клировых ведомостях 1880-х годов упоминается священник Феодор, служивший в этом храме.
На рубеже XIX-XX веков штат церкви включал священника, диакона и псаломщика. Приход насчитывал 282 двора с 2074 прихожанами. В советский период храм был закрыт, а в начале 1990-х годов, после продолжительных дождей, обрушилась крыша здания. В настоящее время храм постепенно восстанавливается.
Село Черниговка (первоначально Чернеевка) было основано в 1630-х годах и упоминается в переписных книгах 1646 года как владение князя И.А. Воротынского. В 1853 году жители села участвовали в антикрепостнических выступлениях, жестоко подавленных царскими войсками. Название села происходит от реки Черниговки и отражает историю переселения славян из Черниговской земли в Подонье в X-XII веках.
Архитектурные особенности храма включают полукруглые окна четверика, разделенные импостами на три части. До 1924 года село входило в состав Задонского уезда Воронежской губернии. Решением Липецкого облисполкома № 874 от 2 ноября 1971 года храм был включен в список объектов исторического и культурного наследия региона.