Первое упоминание о храме в честь Архистратига Михаила в селе Ратунино (ранее носившем названия Салтанаково, Салтаново, Салтыково) относится к 1722 году. В тот период село входило в состав Лысковской пятины Курмышского уезда. Деревянная церковь имела один престол во имя Архангела Михаила. Приход насчитывал 47 дворов, из которых 5 принадлежали помещикам, а 42 - крестьянам. Селом в XVIII веке владели дворяне Кубаровские и Жедринские. Духовенство храма состояло из одного священника - Фёдора Калинина.
В 1781 году в клировых ведомостях зафиксирован состав причта: иерей Георгий Степанов, пономарь Михаил (сын иерея Георгия, обучавшийся в Лысковской гимназии) и дьячок Иван Макаров из села Шахманова. В 1796 году священником храма значился Михаил Егоров. В 1825 году на месте обветшавшего деревянного храма был возведён каменный храм в стиле позднего классицизма. Строительство осуществлялось на средства коллежского асессора Даниила Ивановича Шешукова из деревни Курбатиха при участии помещиц Болобановой и Глебовой.
Архитектурное решение нового храма включало четверик с боковыми пилястровыми портиками, увенчанный ротондой, с небольшой трапезной и трёхъярусной колокольней под шпилем. В храме были устроены три престола: главный - в честь Архистратига Михаила, и два придельных - во имя пророка Даниила и святого Вячеслава Чешского. Внутреннее пространство разделялось стеклянной аркой на тёплую и холодную части. В 1844 году в селе была построена вторая, деревянная церковь в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость».
С 1882 года в Михаило-Архангельском храме служил священник Мардарий Никандрович Засецкий, совмещавший пастырское служение с преподаванием в церковной школе. Его сын, Михаил Мардарьевич Засецкий, окончил Казанскую духовную академию и преподавал в Нижегородской духовной семинарии. После революции 1917 года он работал учителем в Ратунинской школе. В 1926 году в клире храма состояли диаконы Владимир Павлович Кипрский и Борис Михайлович Херсонский, а также псаломщик Иван Фёдорович Бутняков.
В 1930-х годах храм был закрыт и постепенно пришёл в запустение. Богослужебная жизнь возобновилась лишь в 2012 году, когда после 80-летнего перерыва в храме был совершён первый молебен. В настоящее время храм является приписным к церкви в честь пророка Илии в селе Варганы. Богослужения совершаются периодически, преимущественно в дни престольных праздников.