История прихода неотделима от истории станицы Усть-Джегутинской, основанной в 1861 году как казачье поселение на берегу Кубани. По горячему усердию казачьего населения, вскоре после закладки станицы был воздвигнут небольшой деревянный храм-часовня из местного леса. Освященный во имя Архистратига Михаила, он незамедлительно стал духовным средоточием для первых поселенцев, и уже во второй половине XIX века здесь начала возноситься общественная молитва.
С ростом станицы и укреплением приходской жизни возникла благая потребность в возведении более долговечного и вместительного каменного храма взамен деревянного. Закладка нового здания состоялась в 1879 году. Строительные работы, продолжавшиеся около шести лет, завершились в 1885 году, когда величественный храм в честь Архангела Михаила был окончательно устроен и освящен. Архитектурно храм представляет собой каменную однопрестольную базилику (в форме «корабля»), возведенную тщанием местных мастеров. Стены сложены из тесаного камня по технологии, при которой каждый блок подготавливался для строго определенного места в кладке.
В лихолетье гонений на Церковь в XX веке Михайловский храм разделил трагическую участь большинства святынь региона. В 1937 году он был закрыт, обезглавлен (лишен куполов) и предан поруганию: святое здание использовалось как овощехранилище. Однако Промыслом Божиим, в отличие от многих других церквей Карачаево-Черкесии, храм не был полностью разрушен.
Возрождение молитвенной жизни началось в тяжелые годы Великой Отечественной войны. Уже в 1943 году, в период ослабления гонений, под сводами храма вновь возобновились богослужения. 11 ноября 1944 года православная община получила официальную регистрацию от Совета по делам Русской Православной Церкви, что закрепило канонический статус прихода.
В послевоенные десятилетия Михайловский храм оставался одним из немногих действующих духовных центров в Карачаево-Черкесии, собирая на праздничные и воскресные службы множество верующих.
В наши дни приход продолжает исторические традиции станицы: на его территории устраиваются памятные мероприятия, связанные с увековечением памяти казачества и павших воинов, ведется деятельное взаимодействие с местными казачьими обществами.