В начале 1990-х годов, в период возрождения религиозной жизни в России, жители Усть-Джегуты выразили потребность в создании православного храма для удовлетворения духовных нужд местного населения. Инициатива строительства была поддержана местными властями и представителями Русской Православной Церкви. В результате, в 1992 году было принято решение о возведении храма во имя Архангела Михаила на выделенном участке по улице Щекута.
Строительство храма началось в 1993 году и велось преимущественно на средства, собранные местными жителями и благотворителями. Проект храма предусматривал традиционную для православных церквей архитектуру с учетом местных строительных традиций. Здание храма представляет собой однокупольное сооружение с колокольней, выполненное из кирпича. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для русской православной архитектуры.
Важным этапом в истории храма стало его освящение, которое состоялось в 1997 году. С этого момента храм начал полноценно функционировать, предоставляя местным жителям возможность участвовать в богослужениях и церковных таинствах. В последующие годы при храме были организованы воскресная школа для детей и взрослых, библиотека с духовной литературой, а также благотворительные инициативы, направленные на помощь нуждающимся.
В начале 2000-х годов была проведена реконструкция и благоустройство прилегающей территории. Были разбиты цветники, установлены скамейки, обустроены пешеходные дорожки. Эти мероприятия способствовали созданию комфортной и эстетически привлекательной среды для прихожан и посетителей храма.
В 2010 году в храме были проведены реставрационные работы, в ходе которых обновлены фасады здания, заменена кровля, а также проведены внутренние отделочные работы. Особое внимание было уделено восстановлению иконостаса и настенной росписи, выполненной в традиционном православном стиле.
В последующие годы храм продолжал развивать свою деятельность, становясь центром духовной и культурной жизни города. При храме действовали различные кружки и секции, проводились лекции и семинары на духовные и исторические темы. Храм также активно участвовал в межконфессиональном диалоге и социальных проектах, направленных на укрепление общественной гармонии и взаимопонимания.
В 2020 году, в связи с пандемией COVID-19, храм временно приостановил проведение массовых богослужений, перейдя на ограниченный формат служб с соблюдением санитарных норм. Были организованы онлайн-трансляции богослужений, что позволило прихожанам продолжать участвовать в религиозной жизни, несмотря на ограничения.
