Первоначально здание было построено как протестантская реформатская кирха в период с 1886 по 1890 годы.Проект разработал прусский архитектор Фридрих Адлер, а строительство приурочили к 300-летию получения Инстербургом (ныне Черняховск) городских прав.
Архитектурно здание выполнено в неороманском стиле. Фасады выложены из тёмно-коричневого обожжённого кирпича с использованием гранитных элементов в перекрытиях и фундаменте. Крыша покрыта природным шифером. С западной стороны возвышается башня-колокольня высотой 65,8 метра, ранее оснащённая часами и балкой с тремя колоколами общим весом 3,5 тонны. С востока расположены две башни высотой по 33 метра, содержащие лестницы.
Внутреннее убранство включало витражи, изготовленные мастерской Ц. Л. Тюрке в Циттау, кафедру и алтарь из горного песчаника, привезённые из Берлина, а также орган работы мастера М. Терлецки из Кёнигсберга. Стены украшала роспись художника Я. Борновски из Эльбинга.
После завершения Второй мировой войны здание кирхи использовалось под склад, затем как клуб и спортивный зал детско-юношеской спортивной школы. В результате отсутствия должного ухода и нескольких пожаров к концу 1980-х годов сооружение пришло в аварийное состояние.
В 1989 году здание было передано Русской Православной Церкви. Восстановительные работы проводились инициативными группами горожан. 2 мая 1992 года митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл освятил храм во имя Архангела Михаила.
В ходе реставрации фрески храма были выполнены выпускником Черняховской художественной школы Александром Миловановым. Резьба иконостаса создана мастером Вячеславом Громовым, а иконы написаны Еленой Панькиной.
