История храма начинается с закладки в 1863 году. Инициатором строительства выступил полковник Пётр Иванович Бибиков, представитель дворянского рода, владевшего вышегородскими землями. Строительство осуществлялось на средства семьи Бибиковых и продолжалось до 1873 года. В возведении храма принимали участие архитекторы Александр Иванович Долотов, Николай Дмитриевич Федюшкин и Иван Семёнович Богомолов. Храм был построен как усыпальница семьи Бибиковых.
Архитектурно церковь представляет собой кирпичное двухпрестольное двухэтажное здание в русском эклектичном стиле. Главный престол освящён в честь Архистратига Михаила, придельный — в честь Рождества святого Иоанна Предтечи. Внутреннее убранство храма включало родовые иконы Бибиковых, серебряный напрестольный крест с надписью о сооружении в 1766 году, Евангелие 1735 года издания и другие церковные реликвии. В советский период эти святыни были изъяты, и их дальнейшая судьба неизвестна.
В советское время храм был закрыт и использовался в различных целях. С 1936 года здание находилось в ведении Ленинградского горного института, где размещался чертёжный зал. Во время Великой Отечественной войны храм был использован немецкими оккупантами как оружейный склад и место заключения. После освобождения территории богослужения были возобновлены.