Первая деревянная Михайло-Архангельская церковь в селе Вышелей была построена в 1753 году. Храм функционировал на протяжении более ста лет, но к 1880-м годам пришел в ветхость. В 1891-1893 годах по проекту пензенского епархиального архитектора Алексея Егоровича Эренберга на месте старого храма был сооружен новый деревянный храм.
В период 1920-1930-х годов храм был закрыт советскими властями и впоследствии снесен. Здание церкви не сохранилось. Летом 2011 года в здании бывшей сельской библиотеки был открыт Михайло-Архангельский молитвенный дом.
С 2012 года в Вышелее началось строительство нового деревянного храма. Основным храмоздателем выступил местный фермер Николай Петрович Паршин. В июле 2014 года на строящийся храм были подняты купола и кресты. Чин великого освящения храма совершил 22 мая 2016 года митрополит Пензенский и Нижнеломовский Серафим.
На территории храма установлен памятный крест в честь монахини Алипии (Агафии Тихоновны Авдеевой, 1910-1988), известной подвижницы благочестия XX века, уроженки села Вышелей. Престольный праздник храма отмечается 21 ноября в день Собора Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил бесплотных.
Богослужения в храме совершаются еженедельно по пятницам, а также в двунадесятые праздники и дни памяти монахини Алипии. Архитектурный облик современного храма соответствует традициям деревянного зодчества Пензенской губернии конца XIX века.