В период шведской интервенции 1611–1617 годов монастырь был разорён, что привело к его упадку. В начале XX века, между 1900 и 1910 годами, на месте прежних построек была возведена каменная церковь во имя преподобных Антония и Феодосия Печерских. Архитектурно здание выполнено в стиле эклектики с элементами русского стиля, характерными для церковного зодчества того времени.
После революции храм был закрыт и использовался не по назначению, что привело к его постепенному разрушению. В декабре 1990 года здание было передано Русской Православной Церкви, после чего начались восстановительные работы.