Храм был назван в честь священномученика Александра Агафонникова, настоятеля церкви в селе Лемешово, расстрелянного в 1937 году и причисленного к лику святых в 2000 году. Строительство храма велось на добровольные пожертвования прихожан и благотворителей. Кирпичная одноглавая постройка со звонницей была завершена в 2008 году, а 3 октября 2009 года состоялось великое освящение храма, которое совершил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий. Это событие было приурочено к празднованию 228-летия города Подольска.
С момента освящения в храме ежедневно совершаются уставные богослужения. Храм стал не только местом молитвы, но и центром духовного просвещения и социальной деятельности. При храме действует воскресная школа для детей и взрослых, проводятся катехизические беседы, организуются благотворительные акции и культурные мероприятия.
Архитектурно храм представляет собой кирпичное здание в традициях русской православной архитектуры. Одноглавая постройка со звонницей гармонично вписывается в окружающий городской ландшафт, являясь духовным ориентиром для жителей района.
