Он возведён на месте, где 15 июля 1240 года произошла Невская битва, в которой новгородский князь Александр Ярославич одержал победу над шведскими войсками.
В 1711 году, по указу Петра I, на месте обветшавшей часовни была заложена деревянная церковь во имя святого Александра Невского. Освящение храма состоялось 4 февраля 1712 года в присутствии императора. В 1725 году церковь сгорела, но к 1730 году была восстановлена. Однако в 1797 году она вновь пострадала от удара молнии и последовавшего пожара.
В 1798–1799 годах на средства местных жителей и казённых кирпичных заводов был построен каменный храм с колокольней и каменной оградой с чугунной решёткой. Авторами проекта предположительно были архитекторы В. И. и П. В. Нееловы. В 1835–1836 годах храм был перестроен по проекту архитектора Громова: увеличена в длину трапезная и построена новая колокольня. В 1871–1875 годах, по проекту М. А. Щурупова, были пристроены два боковых придела — Святителя Николая Чудотворца и Иоанна Предтечи, и увеличен купол. Новопостроенные приделы были освящены 23 июня 1875 года, а главный придел храма — 5 февраля 1876 года.
В 1934 году храм был закрыт, здание использовалось в качестве клуба и склада. В начале блокады Ленинграда в 1942 году советские сапёры взорвали колокольню, служившую ориентиром для артиллерии противника. В 1962 году обрушился купол церкви.
С 1987 года началось восстановление церкви на средства из городского бюджета. 15 июля 1990 года храм был возвращён верующим. Официальное решение о его возвращении было принято 13 января 1992 года Петербургским Советом народных депутатов. В течение нескольких лет храм был полностью восстановлен и отреставрирован. Полное освящение главного престола совершил 12 сентября 1995 года архиепископ Новгородский и Старорусский Лев. Торжественное освящение северного придела Святителя Николая Чудотворца совершил 19 сентября 1999 года митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир. Торжественное освящение южного придела Иоанна Предтечи было совершено 2 декабря 2001 года.
Храм построен в стиле классицизма. Он имеет два боковых придела: северный — святителя Николая Чудотворца; южный — Усекновения главы Иоанна Предтечи. Рядом с храмом находится кладбище и два памятника святому благоверному князю Александру Невскому: памятный знак «Часовня на месте Божьей помощи в день Невской битвы» с погрудным бронзовым скульптурным портретом Александра Невского внутри, освящённая 6 декабря 2002 года, и памятник на береговом склоне, открытый 29 мая 2003 года.
