Первоначальный храм во имя святого Александра Невского был заложен в сентябре 1894 года и освящён в 1901 году. Он представлял собой кирпичное пятиглавое сооружение с отдельной колокольней на столбах и располагался на площади Терлецкого, которая в то время носила название Александро-Невская. Храм служил центром духовной жизни города до 1938 года, когда был разрушен в ходе антирелигиозной кампании советской власти.
В 2002 году в Темрюке был зарегистрирован Александро-Невский приход. На улице Таманской, 98, в здании бывшей сторожки Михайловского молитвенного дома, был устроен молитвенный дом. 1 июня 2005 года на этом месте началось строительство нового храма. 25 ноября 2007 года состоялось его освящение и первая Божественная литургия.
Современный храм представляет собой одноэтажное здание с прямоугольным планом, завершённое одной главой на цилиндрическом барабане и двухъярусной колокольней над западным притвором. Купол храма достигает высоты 8 метров и весит около 3 тонн. Внутреннее убранство включает четырёхъярусный иконостас высотой 5,5 метра, рассчитанный на размещение 33 икон, привезённых из различных регионов России.
На территории храма также расположены крестильный храм с купелью в виде креста, освящённый в честь праздника Крещения Господня, воскресная школа, благотворительная столовая и часовня. В 2012 году храму была передана икона святого Александра Невского, написанная в Палехе в рамках проекта «Святые Небесные Покровители городов и населённых пунктов».