Строительство храма началось в 1903 году и завершилось в 1906 году.Инициатором и основным благотворителем строительства выступил пудожский купец первой гильдии Н. А. Базегский.Для возведения церкви и отдельно стоящей колокольни был использован красный кирпич, производившийся на заводе, принадлежащем Базегскому.
Архитектурно церковь представляет собой кирпичное здание, выполненное в стиле, характерном для начала XX века. Отдельно стоящая колокольня, построенная в 1906 году, гармонично дополняет ансамбль храма. Оба сооружения расположены на юго-западной окраине Пудожа, перед кладбищенской рощей.
В советский период, когда многие религиозные учреждения подвергались закрытию, церковь Александра Невского в Пудоже также прекратила свою деятельность. Здание храма использовалось под различные нужды, что привело к утрате его первоначального облика и внутреннего убранства.
