Муромский Успенский монастырь основан в XIV веке преподобным Лазарем Муромским, выходцем из Константинополя. Согласно житийным источникам, Лазарь прибыл в Новгород в 1342 году по поручению кесарийского епископа, а затем отправился на север, к Онежскому озеру, где поселился на острове Мучь (позднее названном Муромским). Первоначально им была построена часовня и келья, что положило начало монашеской обители. Вскоре к Лазарю присоединились иноки из Киева и Афона, что позволило возвести первые храмы: Успения Пресвятой Богородицы (первый в Поморье), Рождества Иоанна Предтечи с трапезной и небольшую кладбищенскую церковь Воскрешения Лазаря (1390 год).
В XV–XVI веках монастырь развивался как духовный и хозяйственный центр. При игумене Ефреме (1508 год) обитель получала ружное содержание от государства. В писцовых книгах 1563 и 1582/1583 годов зафиксировано наличие трёх деревянных храмов и братских келий. В 1612 году монастырь подвергся разорению шведскими и польско-литовскими отрядами, но был восстановлен. К середине XVII века в его вотчину входило 27 крестьянских дворов.
В XVIII веке монастырь пережил административные изменения: в 1764 году он вошёл в состав Олонецкой епархии, а в 1786 году был преобразован в женский, затем упразднён. Храмы стали приходскими. В 1867 году обитель возродилась как мужская благодаря пожертвованиям пудожского купца И.И. Малокрошечного. В этот период построены каменные церкви: Успенская (1866) и Всех Святых (1891), а также домовый храм святителя Николая.
После 1917 года монастырь закрыли, на его территории размещались сельхозкоммуна, затем дом инвалидов. В 1959 году древнейшую Лазаревскую церковь (1390 год) перевезли в музей «Кижи». Возрождение обители началось в 1991 году. Сохранились фрагменты каменных построек XIX века, восстановлены братский корпус и колокольня. Мощи преподобных Лазаря и Афанасия Муромских почивают под спудом.