История храма начинается в 1883 году, когда курский купец Дмитрий Сазонов завещал 20 десятин земли в пользу Свято-Троицкого женского монастыря Курска. На этой земле, расположенной в 7 верстах от города, в 1890 году была построена каменная холодная церковь с колокольней. Храм был освящён в 1891 году в память избавления императора Александра III и его семьи от опасности при крушении поезда 17 октября 1888 года на станции Борки Курской губернии. Церковь была посвящена святому благоверному князю Александру Невскому и святой равноапостольной Марии Магдалине.
В последующие годы на территории скита были возведены дополнительные каменные постройки: корпуса для приезда священников, смотрительницы скита и настоятельницы. В 1898 году была построена богадельня на 10 престарелых сестёр в память коронации императорской семьи. В 1903 году была освящена тёплая церковь, построенная по инициативе игумении Софии в память посещения Курска императором Николаем II в 1902 году. В 1909 году, благодаря пожертвованиям, был устроен артезианский колодец для обеспечения скита водой.
После революции 1917 года скит, как и многие религиозные учреждения, подвергся закрытию. В 1925 году в докладе секретаря Губисполкома отмечалось, что Шуклинский Александро-Невский женский монастырь фактически продолжал функционировать, несмотря на официальное закрытие в 1922 году. На тот момент в монастыре проживало до 60 монахинь и один священник.
В последующие десятилетия храм находился в запустении. Однако в начале XXI века начались работы по восстановлению храма. Между 2009 и 2011 годами был построен новый храм, который стал восстанавливаемым скитом Свято-Троицкого женского монастыря Курска. 19 июня 2012 года состоялось освящение храма во имя святого благоверного князя Александра Невского.
Архитектурный облик восстановленного храма сочетает традиционные элементы русского православного зодчества с современными строительными технологиями. Здание выполнено из кирпича, имеет одноэтажную структуру с колокольней, увенчанной шатровым куполом. Фасады окрашены в светлые тона, окна арочной формы, что придаёт сооружению торжественный и гармоничный вид. Внутреннее убранство храма оформлено в соответствии с православными канонами, включая иконостас и настенные росписи.
В настоящее время храм функционирует как действующий скит Свято-Троицкого женского монастыря, продолжая служить духовным центром для жителей деревни Шуклинка и окрестных населённых пунктов. Храм активно участвует в религиозной и культурной жизни региона, проводя богослужения, религиозные праздники и другие мероприятия в соответствии с православными традициями.