Село Городня, ранее известное как Вертязин или Городень, впервые упоминается в начале XIV века. В этот период оно представляло собой укреплённый город-крепость, защищавший подступы к Твери со стороны Москвы. Здесь развивались ремёсла, велась оживлённая торговля, а также чеканилась собственная монета с надписью «Печать Городеньская». Важное стратегическое положение способствовало строительству в городе нескольких монастырей и церквей.
Точная дата основания церкви Рождества Богородицы остаётся предметом дискуссий среди исследователей. Некоторые источники относят её строительство к 1290-м годам, связывая с периодом княжения Михаила Ярославича. Другие предполагают, что храм был возведён в конце XIV века при великом князе Тверском Борисе Александровиче. В любом случае, первое достоверное упоминание о церкви относится к 1412 году, когда она пострадала в результате пожара. После этого, до 1425 года, храм был восстановлен.
Архитектурно церковь представляет собой четырёхстолпный крестово-купольный храм с тремя апсидами. Изначально он имел позакомарное покрытие и одну главу. Высокий подклет, ныне значительно погрузившийся в землю, свидетельствует о том, что ко входу в храм вели высокие лестницы-«всходы». Строительство велось из белого камня, что придавало сооружению монументальность и величественность. Считается, что изначально храм был схож с Никольской церковью в селе Каменском. Предполагается также, что церковь имела оборонное значение, выполняя функции главной башни крепости Городня.
В 1569 году город подвергся разгрому со стороны опричного войска Ивана Грозного, что не могло не отразиться на состоянии храма. В Смутное время начала XVII века Городня вновь испытала разорение, и церковь, вероятно, была повреждена. К XVII веку село стало дворцовым, а церковь приобрела статус приходской. После пожара 1716 года храм был возобновлён на средства местного помещика Петра Алексеевича Бема в 1740—1745 годах. В ходе этих работ над древним барабаном появилась небольшая главка, окна были расширены, а к церкви пристроены кирпичная трапезная и шатровая колокольня. В интерьере был установлен новый иконостас, выполненный в стиле, сочетающем черты барокко и классицизма.
В 1801 году в результате очередного пожара церковь вновь пострадала, однако иконостас удалось спасти. Вскоре тесовая крыша храма была заменена на металлическую. Во второй половине XIX века интерьер был заново расписан масляной живописью. К этому времени приход включал более 250 дворов в селе Городня и окрестных деревнях.
В советский период церковь Рождества Богородицы оставалась действующей, что способствовало сохранению её интерьеров, росписей и иконостасов. Однако в годы Великой Отечественной войны храм был сильно повреждён и начал разрушаться. В 1966 году под руководством архитектора-реставратора Бориса Львовича Альтшуллера была начата тщательная реставрация церкви, завершившаяся в 1980 году. После окончания работ храм был торжественно освящён.
В начале 1990-х годов по инициативе настоятеля храма в селе была открыта церковно-приходская школа. В декабре 2001 года на её базе начала работу Городенская православная гимназия. Здание гимназии, расположенное по адресу Ленинградская улица, 109А, было возведено за полтора года неподалёку от храма Рождества Богородицы на благотворительные средства различных фондов, банков, предпринимателей и частных лиц. Курировал строительство председатель Счётной палаты Российской Федерации С. В. Степашин, который впоследствии возглавил Попечительский совет гимназии.
Помещение гимназии представляет собой двухэтажное кирпичное здание общей площадью 2432,5 кв. м, оснащённое спортивным и актовым залами, столовой, компьютерным классом и двадцатью учебными кабинетами. Учебный процесс организован в одну смену, при этом учащиеся получают учебники и двухразовое питание за счёт средств учредителей. Медицинское обслуживание также осуществляется на безвозмездной основе. Приоритетное право при поступлении в гимназию предоставляется детям из малообеспеченных, многодетных и неблагополучных семей, проживающих в населённых пунктах Конаковского района, таких как Городня, Кошелево, Игуменка.
