Предыстория создания храма начинается в 1993 году, когда группа родителей, вдохновленных идеей воспитания своих детей в православных традициях, основала школу под названием «Малая Академия Гармонии». Возглавила это начинание Давыдова С.Н., а духовное окормление осуществлял иерей Алексей Тимофеев из Никольской церкви села Озерецкого. В 1995 году, в связи с расширением школы, были арендованы помещения в здании детского сада на Керамзаводе.
В 1997 году школа преобразуется в общеобразовательное учреждение «Православная классическая гимназия «Лучица»». Директором становится Петровская Е.В., а духовное попечение принимает настоятель храма Архистратига Михаила на Красной Поляне иерей Виктор Саввин. В этот период гимназия сталкивается с трудностями, связанными с отсутствием собственного храма и необходимостью проведения богослужений.
Осенью 1997 года было подано прошение об открытии храма на территории гимназии. По благословению благочинного игумена Александра (Агрикова), ныне епископа Дмитровского, была создана молитвенная комната для проведения молебнов и литий. Окормление гимназии осуществлял настоятель Троицкого храма села Драчева иеромонах Даниил (Жирнов), ныне игумен, благочинный храмов Можайского округа, духовник Московской епархии. Еженедельно проводились богослужения, на которых молились об упокоении Царской семьи, с верой в их предстательство перед Господом за гимназистов и их родителей.
К лету 1998 года было обустроено помещение гимназического храма, что позволило проводить Божественную литургию. Первая литургия состоялась 17 июля 1998 года, в день памяти расстрела Царской семьи, и была совершена иеромонахом Даниилом. 20 сентября 1999 года приход Филаретовского храма города Лобни был официально зарегистрирован. Приходской совет обратился в администрацию города с просьбой о предоставлении земельного участка и передаче муниципального имущества для нужд храма.
В 2000 году приход получил свидетельство на муниципальное имущество, а в 2007 году — свидетельство на землю. Собранием прихожан был избран приходской совет и исполняющий обязанности директора гимназии. В сентябре 2005 года Православную гимназию во имя святителя Филарета Московского посетил архиепископ Можайский Григорий.
Здание бывшего детского сада, построенное в 1968 году, в котором располагался храм, нуждалось в капитальном ремонте. До ноября 2007 года ремонтные работы проводились только в бухгалтерии. Работы начались с установки новой ограды с коваными воротами по периметру территории храма. В ноябре 2007 года начался капитальный ремонт с перепланировкой келий настоятеля и священников, а затем и ризницы. В 2009 году была отремонтирована просфорня, установлено необходимое оборудование для выпечки просфор, подведены горячая и холодная вода. Был сооружен новый резной иконостас с иконами Господа Иисуса Христа, «Знамение» Божией Матери, апостола Андрея Первозванного и равноапостольной Ольги. Также была отреставрирована икона Божией Матери «Достойно есть» и помещена в резной иконостас.
Летом 2012 года к алтарю была пристроена ризница, и был приведен в порядок купол храма. Храм был радиофицирован, что позволило транслировать звук как внутри, так и вне храма; службы стали хорошо слышны в трапезной, на кухне и на улице. Кроме того, при храме была возведена временная колокольня.
Со временем возник вопрос о строительстве дома причта путем реконструкции двух кирпичных одноэтажных сараев, расположенных на территории храма. В 2010 году от администрации города Лобня было получено разрешение на проектирование и строительство. Через год был залит фундамент, а летом 2012 года началось строительство корпуса здания. 30 декабря 2012 года работы завершились покрытием здания крышей. В 2013 году летом были оштукатурены стены, установлены окна. Строительные работы продолжались до 2014 года. В доме причта планируется разместить церковную лавку, помещения для сторожей, бухгалтерию и приходской совет, кельи священников и просфорню.
