Домовый храм Рождества Пресвятой Богородицы был учреждён при Императорском клиническом повивально-гинекологическом институте, основанном в 1904 году. Проект здания института, включавшего храм, разработан архитектором Л. Н. Бенуа по программе директора института профессора Д. О. Отта. Первоначально храм задумывался как часовня и был освящён при открытии института в 1904 году. В проекте Бенуа предусматривалось наличие крестильни для совершения таинств над пациентами.
В 1904 году в актовом зале на третьем этаже института была устроена домовая церковь, приписанная к Екатерининскому храму. Освящение церкви состоялось летом 1905 года после завершения работ над раздвижным иконостасом с двенадцатью образами. Алтарное окно украшал витраж с образом Божией Матери, созданный по рисунку В. М. Васнецова. Во время богослужений электрический орган в зале закрывался занавесом.
В 1918 году храм был закрыт, но вскоре возобновил деятельность в помещении крестильни до 1926 года. После закрытия витраж Васнецова был перенесён в храм Смоленской иконы Божией Матери. В 1992 году по инициативе директора института Э. К. Эйламазяна и по благословению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Иоанна началось восстановление крестильни. 31 декабря 1992 года состоялось её освящение. С мая 1995 года в восстановленном помещении возобновились регулярные богослужения.
Храм расположен в здании Научно-исследовательского института акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д. О. Отта. Богослужения совершаются по средам в 10:00. Для частной молитвы храм открыт ежедневно с 15:00 до 20:00. Престольный праздник отмечается 21 сентября.
