Никоновская церковь примыкает к южной стене Троицкого собора и посвящена ближайшему ученику Сергия — преподобному Никону (†1428). Первый каменный придел возник в 1548 г., а существующий бесстолпный одноглавый храм возведён в 1623-1624 гг. над гробом святого. Архитектура сочетает белокаменные стены с ажурными полуколонками, тройным «бусинчатым» поясом и стрельчатыми закомарами; декоративные ниши-киоты содержали фрески с образами столпников. Высота храма — 23 м, что точно соответствует внутреннему подъёму сводов Троицкого собора, создавая идеальную симметрию ансамбля. В 1783 г. митрополит Платон пристроил к западу Серапионову палатку — надгробную часовню трёх новгородских святителей.
В соборном ряду Никоновская церковь служила «больничным» пределом: в XVIII в. здесь исповедовали иноков, уходивших на «послушание смерти». В 1920-х придел был превращён в фонды музея; рака святого осталась под спудом. Работы 1996-2004 гг. раскрыли раннебарочные росписи, открыли фрагменты древнего пола из известняка-«алебастра», укрепили фундамент струйной цементацией. На южном фасаде восстановлены изразцы 1674 г. с кобальтовой глазурью.
Сегодня храм открыт по субботам: после всенощной из Троицкого собора процессия спускается в придел для чтения акафиста Никону. Для студентов МДА проводятся занятия по литургике — придел сохраняет уникальную акустику камерного моления.
