Согласно преданию, монастырь был основан в середине XII века князем Юрием Долгоруким, одновременно с основанием города Дмитрова. Однако точная дата основания неизвестна, поскольку в 1610 году, во время Смутного времени, пожар уничтожил монастырский архив.
Первое документальное упоминание о монастыре содержится в духовной грамоте князя Юрия Васильевича от 1472 года.
В XVI веке на территории монастыря был возведен каменный собор во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба, который стал центральным храмом обители. Собор представляет собой четырехстолпное двухапсидное сооружение с одной главой, выполненное в традициях русской архитектуры того периода.
В 1652 году, по указу царя Алексея Михайловича, монастырь был приписан к Новгородскому архиерейскому дому и стал подмосковной резиденцией митрополита Новгородского Никона, впоследствии патриарха Московского и всея Руси.
В 1672 году сильный пожар уничтожил многие деревянные постройки монастыря. После этого началась масштабная каменная перестройка обители. В 1685–1687 годах была возведена надвратная Никольская церковь с трапезной, а к 1689 году завершено строительство каменной ограды с четырьмя угловыми башнями.
В XVIII веке, после секуляризационной реформы 1764 года, монастырь потерял значительную часть своих земельных владений. Несмотря на это, он продолжал функционировать. В этот период были проведены работы по обновлению и реставрации монастырских построек.
После революции 1917 года монастырь был закрыт. В его зданиях размещались различные учреждения, включая управление Дмитровского исправительно-трудового лагеря (Дмитлага) в 1930-х годах. Впоследствии на территории обители находились воинская часть и другие организации.
