Первоначально на этом месте существовала деревянная церковь, упоминаемая в XVI веке. В период с 1716 по 1726 годы, благодаря финансовой поддержке местных состоятельных жителей К. Житникова и Н. Набокова, была построена каменная церковь в стиле русского барокко.
В конце XVIII — начале XIX века храм подвергся перестройкам: к нему была пристроена трапезная с приделом в честь праведных Захарии и Елисаветы, а к южному приделу добавлено крыльцо с колоннами. При церкви функционировала церковно-приходская школа.
В советский период, начиная с 1930-х годов, церковь была закрыта и использовалась для различных хозяйственных нужд, включая ремонт танков во время Великой Отечественной войны. В послевоенные годы здание пришло в запустение: колокольня была разрушена, малые купола сняты, а настенные росписи закрашены.
После распада Советского Союза, в 1995 году, храм был возвращен верующим. В 2007 году завершена наружная отделка четверика храма, а 13 мая того же года на его купола были установлены позолоченные кресты. В Захарие-Елисаветинском приделе был установлен двухъярусный резной иконостас. Осенью 2007 года в церкви Бориса и Глеба были возобновлены регулярные богослужения.
В период с 2011 по 2016 годы проводились реставрационные работы под руководством архитекторов Дмитрия Лазарева, Константина Охотина и Станислава Орловского. В настоящее время настоятелем церкви является священник Алексий Трошин.
Храм посещал известный баснописец Фёдор Шаляпин, высоко оценивавший акустику помещения. Также рядом с церковью находится дом, где родился писатель Иван Лажечников, крещённый в этой церкви.
Архитектурно, церковь представляет собой бесстолпное одноглавое здание с трёхлопастными завершениями фасадов. Несмотря на проведённые перестройки, она сохранила композицию, характерную для памятников петровской эпохи.
