Село Семендяево впервые упоминается в исторических документах в 1511 году, когда князь Юрий Иванович освободил местных крестьян от государственных повинностей. В Кашинской писцовой книге за 1627 год зафиксировано наличие в селе деревянного храма во имя Богоявления Господня. В последующие десятилетия в Семендяеве существовали также деревянные церкви во имя святых Иоакима и Анны и Покрова Пресвятой Богородицы.
В 1786 году на месте прежних деревянных церквей была возведена каменная Богоявленская церковь. Архитектурный стиль храма сочетает элементы позднего барокко с архаичными чертами, характерными для допетровской архитектуры. Здание состоит из основного четверика с полукруглой апсидой и трапезной, к которой примыкает отдельно стоящая колокольня. В интерьере храма были устроены четыре престола: главный — в честь Богоявления Господня, правый — Покрова Пресвятой Богородицы, левый — святых Иоакима и Анны, западный — Всех Святых. В 1805 году трапезная была удлинена до колокольни, и в пристроенной части был устроен придел во имя Всех Святых. В 1871 году мастер А. Шишкин выполнил настенную живопись в интерьере храма. В начале XX века барабаны глав были обшиты железом, а в ходе ремонта храм был сделан теплым, с установкой печей и укладкой метлахской плитки на пол.
В начале 1930-х годов церковь была закрыта и использовалась в хозяйственных целях. В 1990-х годах с помощью взносов верующих и при финансовой поддержке сельхозкооператива "Семендяевский" началось восстановление храма. Были отремонтированы часть крыши, оконные рамы, полы и стены. В алтарной части храма возобновились церковные службы. Для полной реставрации храма требуются значительные средства, которых на данный момент нет.
