Первое упоминание о храме в селе Якоть относится к концу XVI века, когда на этом месте существовала деревянная церковь. В 1809 году, на средства прихожан, было возведено каменное здание храма, посвящённое Рождеству Пресвятой Богородицы. С южной стороны трапезной части находился придел во имя святых апостолов Петра и Павла.
Согласно местному преданию, на болоте близ села была обретена икона Божией Матери. Трижды её переносили на возвышенность для строительства храма, но каждый раз она чудесным образом возвращалась на место обретения. В итоге было решено возвести храм именно там, где была найдена икона.
Архитектурно храм выполнен в стиле провинциального классицизма с элементами барокко. Основное здание представляет собой композицию типа «восьмерик на четверике». Боковые фасады украшены пилястровыми портиками, завершёнными фронтонами. Трапезная асимметрична, её своды опираются на столбы. Трёхъярусная колокольня увенчана шпилем, её стройные очертания контрастируют с приземистым основным объёмом храма. Декор отличается скромностью и строгостью.
В 1936–1937 годах, в период гонений на церковь, храм был закрыт и разорён. В его помещении разместили склад совхоза «Будённовец». К началу XXI века от храма остались полуразрушенные кирпичные стены и остатки настенных росписей.
22 мая 2004 года приход был вновь открыт. Начались молебны и панихиды в колокольне разрушенного храма. В сентябре–октябре 2004 года был заложен камень в основание нового храма-часовни в честь Новомучеников и исповедников Российских, получив на это благословение митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия. К 2006 году были возведены стены и крыша, а 7 сентября 2006 года установлен крест на купол. С 14 октября 2006 года в новом храме начали проводить молебны и панихиды, а первая литургия состоялась 6 октября 2007 года.
В 2015 году, по благословению митрополита Ювеналия, Фонд Московской епархии по восстановлению порушенных святынь инициировал программу по восстановлению Богородицерождественского храма в Якоти. К этому времени здание находилось в аварийном состоянии. С весны 2019 года начались работы по воссозданию исторического облика храма. 22 августа 2021 года, после завершения ремонтно-восстановительных работ, в храме была совершена первая Божественная литургия.
