Первые упоминания о селе Селевкино и его храме относятся к началу XVII века. В писцовых книгах 1620 года село значится как вотчина князя Владимира Тимофеевича Долгорукого, где находилась деревянная церковь Рождества Пресвятой Богородицы. В 1720 году деревянная церковь сгорела, и в июле того же года было принято решение о строительстве каменного храма на её месте.
Новый каменный храм был возведён в 1740 году на средства княгини Анны Фёдоровны Барятинской. Архитектура храма выполнена в стиле аннинского барокко, характерного для периода правления императрицы Анны Иоанновны (1730–1740 годы). В первой половине XIX века были перестроены колокольня и трапезная с приделом, предположительно в честь священномученика Модеста.
В 1867 году, из-за малочисленности прихожан, церковь была приписана к Успенскому храму села Морозово. Однако в 1871 году храм вновь обрёл самостоятельность. В июле 1913 года прихожане обратились в Московское Археологическое общество с заявлением о плохом состоянии храма, но из-за начавшейся Первой мировой войны ремонтные работы не были проведены.
После Октябрьской революции храм продолжал функционировать, но в 1922 году из него была изъята драгоценная церковная утварь. В 1930-х годах местные власти организовали возле храма кладбище. В 1941 году было принято решение о закрытии храма, после чего здание использовалось как хранилище для овощей, а позже — для химических удобрений, что привело к его значительному разрушению.
В 1974 году храм был включён в перечень памятников культуры, подлежащих охране государства. В 1980-е годы проводились реставрационные работы под руководством Ильи Алексеевича Левакова, но после их завершения здание оставалось бесхозным и продолжало разрушаться. В 1990-х годах кровля трапезной обрушилась, а придел зарос травой и кустарником.
В конце 1990-х годов здание храма было передано Русской Православной Церкви, и начались восстановительные работы. В 2001 году в храме возобновилась приходская жизнь. В 2015 году Благотворительным фондом Московской епархии по восстановлению порушенных святынь были выделены средства на реставрацию и проведение противоаварийных работ. 26 августа 2018 года митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий совершил великое освящение восстановленного храма.
Богородицерождественский храм в Селевкино является объектом культурного наследия федерального значения и входит в состав Яхромского благочиния Сергиево-Посадской епархии.
