История храма восходит к XVI веку. В 1538 году село Подчертково Повельского стана было передано в Троице-Сергиев монастырь по приказу князя Давыда Даниловича Хромого. В 1548 году казначей князя, Фёдор Иванович Сукин, вновь продал село монастырю вместе с Богородицерождественской церковью. Во время польско-литовского нашествия церковь Рождества Богородицы была уничтожена, но в 1679 году её отстроили заново.
Во второй половине XVIII века в приход церкви входили село Подчёрково, деревни Тендиково (Менчиково), Шелепино и сельцо Ягатино.
Современное здание храма было возведено в период с 1851 по 1863 годы на средства московских купцов, уроженцев села Подчёрково, Фёдора Тимофеевича Мотоласова и Сергея Ивановича Марина. Освящение храма состоялось в 1864 году.
Архитектурно храм представляет собой кирпичное здание на белокаменном цоколе, выполненное в русском стиле и увенчанное декоративным пятиглавием. Двухъярусная колокольня придаёт сооружению величественный облик.
В 1878 году храм был частично реконструирован по проекту архитектора Льва Николаевича Львова. В ходе работ на храме установили малые главы, а на колокольне выстроили дополнительный ярус.
В 1891 году в храме был освящён придел во имя преподобного Сергия Радонежского, а в 1895 году — во имя великомученика Фёдора Стратилата. Оба придела были устроены на средства московских купцов Фёдора Тимофеевича Мотоласова и Сергея Ивановича Марина.
В советский период храм был закрыт, его имущество разграблено, а здание пришло в запустение.
В 1998 году храм был передан верующим в плачевном состоянии. Благодаря трудам местных жителей и помощи благотворителей началось его восстановление. В настоящее время храм отремонтирован, построена ограда и двухэтажный дом причта.
