Церковное место в селе Колюбакино известно с начала XVI века, когда село с деревянным храмом в честь Рождества Богородицы принадлежало княжескому роду Турунтаевых. В 1548 году село Колюбакино с деревнями было отписано на царя Ивана Васильевича и присоединено к дворцовым селам. Первые письменные источники с упоминанием церкви Рождества Богородицы относятся к 1628 году. В окладных книгах Патриаршего Казенного Приказа указана церковь Рождества Пресвятой Богородицы в государевом дворцовом селе Колюбакино.
В 1647 году село было приобретено боярином князем Яковом Никитичем Одоевским. Церковное предание называет ктитором постройки дошедшей до наших дней трёхпрестольной каменной церкви в селе Колюбакино известного государственного деятеля царствования царя Алексея Михайловича князя Никиту Ивановича Одоевского.
В марте 1813 года графиня Варвара Петровна Разумовская обратилась к архиепископу Московскому Августину с просьбой дать разрешение на обновление храма в её вотчине в селе Колюбакино Рузской округи. После нашествия неприятеля в 1812 году был освящён настоящий храм во имя Рождества Пресвятой Богородицы. В 1834—1835 годах Н. А. Челищев перестроил придельные храмы с устройством духовых печей, сделав трапезный храм тёплым.
В 1885—1886 годах по прошению причта Богородицерождественской церкви села Колюбакино производилось дело о возобновлении главного иконостаса храма. Московское императорское археологическое общество в 1886 году разрешило причту церкви Рождества Богородицы в селе Колюбакино исправить иконостас и иконы, не искажая древние памятники русского церковного искусства. В 1894 году в Богородицерождественской церкви села Колюбакино были возобновлены придельные иконостасы, а в 1901 году происходил капитальный ремонт храма.
В советское время храм был закрыт в 1937 году, позже разрушены глава и колокольня. Храм возвращён общине в 1990 году, была проведена реставрация.
В настоящее время Богородицерождественский храм в посёлке Колюбакино продолжает свою деятельность, являясь центром духовной жизни для местных жителей и окрестных деревень. Храм поддерживает активную духовно-просветительскую деятельность, направленную на работу с детьми и молодёжью, что способствует укреплению православных традиций в регионе.
