Село Клишино впервые упоминается в писцовых книгах Рязанского края конца XVI века как село Клишинское. В приправочной книге 1616 года оно значится как «пустошь, что была сельцо Клишино». В материалах Генерального межевания XVIII века упоминается как Клишино.
Первое упоминание о храме в селе Клишино содержится в окладных книгах 1676 года, где упоминается деревянная церковь Рождества Пресвятой Богородицы. В приходе этой церкви числилось 16 дворов, включая один боярский, однако церковной земли и покосов не было.
Существующее ныне каменное здание Богородицерождественского храма было возведено во второй половине 1680-х годов. Архитектурно храм представляет собой пятиглавый кирпичный храм с трапезной и колокольней. В трапезной был устроен придел в честь Всех Святых. Колокольня соединена с трапезной и имеет три яруса. Внутреннее убранство храма включало старинную изразцовую печь с лежанкой в северном углу трапезной. Стены внутри были окрашены и имели углубления: одно в алтаре и два в трапезной, в одном из которых помещалось изображение Спасителя в темнице.
В 1746 году село Клишино приобрёл купец Андрей Семёнов, владевший в Москве шёлковой и полотняной фабрикой. Вероятно, он отремонтировал церковь в 1746–1748 годах, после чего она приобрела примерно тот облик, который имеет сегодня.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советской власти, храм был закрыт. Колокольня и главы были сломаны, и здание использовалось как склад и сельский рынок, что привело к его обветшанию.
В 1998 году Богородицерождественская церковь была возвращена верующим. С 1999 года начались восстановительные работы. В ходе ремонта внешний декор XVII века — кокошники, пучки полуколонок, наличники и обрамления входов — был утрачен. В августе 2000 года был назначен постоянный священник, и храм возобновил свою деятельность.
