Авраамиев Богоявленский монастырь в Ростове Великом впервые упоминается в Лаврентьевской летописи под 1261 годом. Предание связывает основание обители с деятельностью преподобного Авраамия Ростовского, который, согласно житию, разрушил языческого идола Велеса на этом месте с помощью жезла, полученного от апостола Иоанна Богослова. На месте идола был возведен деревянный храм Богоявления Господня, вокруг которого сформировалась монашеская община.
В 1553-1555 годах по обету царя Ивана IV Васильевича после взятия Казани был построен каменный Богоявленский собор - один из первых многопрестольных храмов середины XVI века. Собор имел четыре придела, посвященных преподобному Авраамию Ростовскому, апостолу Иоанну Богослову, Иоанну Предтече и Богоявлению Господню. Архитектура собора сочетает элементы столичного и ростовского зодчества.
В Смутное время монастырь подвергся разграблению польскими войсками. В середине XVII века при архимандрите Ионе Сысоевиче были возведены каменные Введенская церковь (1650 год) и надвратный Никольский храм с двумя башнями (конец XVII века). В XVIII веке монастырь утратил былое значение после канонизации Димитрия Ростовского и возвышения Спасо-Яковлевского монастыря.
В 1914 году на территорию обители временно перевели Евфросиниев Полоцкий женский монастырь, а братия переселилась в Спасо-Яковлевский монастырь. В 1929 году монастырь был закрыт советской властью, здания переданы музею. В 1930-е годы были разобраны монастырские стены, а помещения использовались под зерносклад, воинскую часть, детский сад и вытрезвитель.
В 1993 году в монастыре учреждено подворье московского Андроникова монастыря, преобразованное в 1994 году в патриаршее подворье. В 2004 году Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение о преобразовании подворья в женский монастырь Ярославской епархии. Сохранившиеся здания монастыря включают Богоявленский собор, Введенскую и Никольскую надвратную церкви.