Благовещенский женский монастырь в Стерлитамаке ведет свою историю от Уфимского Благовещенского женского монастыря, основанного в 1838 году. Первоначально обитель была учреждена в Уфе по указу Святейшего Синода на месте упраздненного Уфимского Успенского мужского монастыря, существовавшего до 1764 года. Основательницей монастыря стала игумения Филарета (Бычкова), которая до этого возглавляла женскую общину, образованную в 1826 году в селе Бетьки Мензелинского уезда.
В 1832 году община была переведена в Уфу, где для нее были приобретены дома на Усольской улице. В 1838 году Синод официально утвердил создание Благовещенского трехклассного женского монастыря. В последующие годы монастырю были пожалованы земельные угодья за рекой Уфимской, а также мельница близ Бирска. На территории обители были построены три храма: каменная церковь во имя святого князя Александра Невского (1852 г.), летняя церковь Благовещения Пресвятой Богородицы (1850 г.) и церковь в честь Иверской иконы Божией Матери (1897 г.).
Монастырь был обнесен каменной стеной с четырьмя башнями. В начале XX века в обители проживало около 1500 насельниц. Монастырь занимался благотворительной деятельностью: в 1868 году было открыто училище для девиц духовного звания, а в 1892 году организована бесплатная столовая для неимущих женщин.
После революции 1917 года монастырь был закрыт, его имущество конфисковано, а здания заняты советскими учреждениями. В 1930 году был разрушен Благовещенский храм. Возрождение монашеской жизни произошло 27 сентября 1995 года, когда по ходатайству епископа Уфимского и Стерлитамакского монастырь был вновь открыт в Уфе. В 1998 году обитель была переведена в Стерлитамак, где разместилась на территории Свято-Никольского кафедрального собора.
В настоящее время монастырь является правопреемником исторического Уфимского Благовещенского женского монастыря. На его территории находятся Свято-Никольский собор и крестильный храм во имя святого великомученика Феодора Стратилата. В обители хранятся святыни: ковчег с частицами мощей святых, икона Распятия с частицей Древа Животворящего Креста Господня и другие святыни.