Каменная церковь была построена в 1770 году благодаря усилиям секунд-майора Андрея Иродионовича Кошелева и его супруги Анны Васильевны. Главный престол храма был освящён в честь иконы Пресвятой Богородицы «Знамение», а в тёплой трапезной располагались приделы во имя святителя Николая и святителя Алексия, митрополита Московского.
3 июня 1858 года Московская Духовная Консистория приняла решение о расширении Знаменской церкви в селе Лисинцево. В результате существующая церковь была разобрана, и на её месте в 1863 году была построена новая церковь благодаря усилиям прихожан и московских купцов Иоанна и Павла Жилиных. В трапезной были устроены приделы во имя тех же святых. К храму была приписана церковь во имя Иоанна Богослова в селе Жедочи, построенная в 1716 году. Церковная школа размещалась в доме графа Шереметева.
В годы советской власти храм был закрыт в 1934 году. В период с 1941 по 1945 годы кровля трапезной, плиты пола и другие элементы были демонтированы и использованы для военных нужд. В 1956 году было принято решение взорвать храм для получения строительных материалов, и разрушенный храм был использован для строительства дороги. В результате этих действий исчезла усадьба, а село обезлюдело.
19 ноября 2002 года силами общины храма преподобного Серафима Саровского в посёлке Селятино на месте разрушенного храма был установлен и освящён памятный поклонный крест и мраморная плита. В рамках программы «Восстановим порушенные святыни» 16 ноября 2015 года в деревне Лисинцево состоялась торжественная церемония закладки первого камня для строительства новой церкви Знамения Пресвятой Богородицы. В 2016 году была проведена комиссия Общественной палаты Московской области, которая приняла решение о восстановлении архитектурного облика Лисинцево как единого объекта культурного наследия. В рамках этого проекта планируется создание историко-культурного комплекса «Музей под открытым небом «Лисинцево – Знаменское», включающего строительство церкви Знамения Пресвятой Богородицы, благоустройство липового парка усадьбы Глебовых, восстановление искусственных каскадных прудов и создание пешеходной зоны вдоль реки.
