Свято-Елисаветинский женский монастырь был основан в 1998 году как православная община в частном доме в Калининграде. В 1999 году община получила благословение на преобразование в монастырь, а в 2001 году была официально зарегистрирована. Первоначально монастырь располагался в Калининграде по улице Полецкого, 24.
В 2001 году для создания сельскохозяйственного подворья был приобретён полуразрушенный дом в посёлке Приозерье, в 120 км от Калининграда. На этом месте началось строительство монастырского комплекса. Первым храмом на территории подворья стала домовая церковь во имя преподобного Александра Свирского, освящённая в 2008 году. В 2010 году был освящён храм в честь святителя Спиридона Тримифунтского.
31 мая 2010 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви юридический адрес монастыря был изменён: калининградская обитель стала подворьем, а подворье в Приозерье — основным монастырём. Это решение послужило основанием для строительства собора во имя преподобномученицы великой княгини Елисаветы Фёдоровны, закладной камень которого был освящён в 2013 году.
Монастырский комплекс включает три храма: во имя преподобного Александра Свирского, святителя Спиридона Тримифунтского и преподобномученицы Елисаветы Фёдоровны. По периметру монастырской стены расположены пять домовых церквей в честь различных икон Божией Матери. На территории обители находятся 25-метровый поклонный крест, установленный в 2004 году, и четыре святых источника с купелями.
В монастыре действуют музей, посвящённый царственным мученикам, и художественная галерея. Имеются мастерские: иконописная, янтарная, швейная, а также просфорная и свечная. При монастыре организованы скиты, включая скит во имя преподобной Марии Египетской с животноводческим комплексом.