Кизилташский Стефано-Сурожский мужской монастырь был основан в 1856 году архиепископом Херсонским и Таврическим Иннокентием (Борисовым). Название обители происходит от татарского «Кизилташ» — «красный камень», что связано с окружающими монастырь красными скалами. По преданию, в VIII веке на этом месте находилась летняя резиденция святителя Стефана Сурожского, архиепископа Сугдеи (современный Судак), известного защитника иконопочитания.
Первыми насельниками будущего монастыря стали странники Андроник и Пантелеимон, поселившиеся здесь около 1851 года. Они построили глинобитный молитвенный дом, который в 1857 году был освящен как церковь во имя святителя Стефана Сурожского. Официальное учреждение монастыря последовало после решения Святейшего Синода в 1856 году. Первым настоятелем стал иеромонах Арсений из Балаклавского Георгиевского монастыря.
Значительный вклад в развитие обители внес игумен Парфений (Журавский), назначенный в 1858 году. При нем были построены монашеские кельи, гостиницы для паломников, мельница, разбиты сады и огороды. Игумен Парфений погиб в 1866 году от рук грабителей и в 2000 году был канонизирован как преподобномученик.
К началу XX века монастырь владел 250 гектарами земли, имел подворья в Феодосии, Геническе и Судаке. На территории обители действовали кирпичный завод, мельница и школа для детей из малоимущих семей. Монастырь славился целебными источниками, включая серный источник с лечебными грязями.
В 1923 году монастырь был закрыт советской властью. На его территории размещались сельскохозяйственная артель, затем санаторий. В 1950 году по приказу Л.П. Берии монастырские постройки были взорваны, а в скалах оборудован ядерный арсенал Черноморского флота (объект «Феодосия-13»). Ядерные боеприпасы были вывезены в 1992 году.
Возрождение монастыря началось в 1997 году по решению Священного Синода Украинской Православной Церкви. В 2002 году был построен храм Всех Печерских Святых, а в 2008-2010 годах — деревянный храм во имя преподобного Серафима Саровского. Монастырь продолжает существовать на территории военного городка, что обуславливает особый режим доступа.