Согласно преданию, монастырь был основан в 1385 году святителем Стефаном Пермским с целью распространения христианства среди зырянского населения. Однако документальных подтверждений этой даты не сохранилось. В середине XV века обитель подверглась разорению в результате походов вогульского князя Асыки, что привело к её запустению.
В 1667 году московский священник Фёдор Тюрнин, принявший монашеский постриг с именем Филарет, вместе с четырьмя сыновьями возобновил монашескую жизнь на этом месте, основав Спасскую пустынь. Была построена деревянная церковь во имя Спаса Нерукотворного Образа. После смерти Филарета обитель постепенно пришла в упадок и была упразднена в 1764 году в ходе секуляризационной реформы.
В 1860 году, по ходатайству местных жителей и духовенства, монастырь был возрождён. В его восстановлении приняли участие иноки Соловецкого монастыря во главе с иеромонахом Матфеем. В период с 1869 по 1875 годы был построен двухэтажный каменный Троицкий собор по проекту архитектора А. Иваницкого. В 1872–1878 годах возведена 60-метровая колокольня, а в 1877–1879 годах монастырь обнесён каменной стеной с четырьмя угловыми башнями и крытой галереей. В 1886 году на монастырском кладбище была построена каменная церковь Успения Пресвятой Богородицы.
После революции 1917 года монастырь был закрыт, его имущество национализировано, а многие насельники репрессированы. В последующие десятилетия здания монастыря использовались для различных нужд, включая размещение госпиталя и дома для душевнобольных. В 1960-х годах Троицкий собор был полностью разрушен.
