История прихода начинается в 1990-х годах XX века, когда православные жители посёлка Глубокое начали организовывать приходскую жизнь. Изначально богослужения проводились в небольшом домике, расположенном в санитарной зоне бывшего Иртышского медеплавильного завода. С апреля 1995 года в этом помещении стали регулярно совершаться богослужения.
В начале 1997 года приходу было передано двухэтажное здание бывшего детского сада, расположенное на окраине посёлка. Однако из-за удалённости от центра и сложности содержания здание оказалось непосильной ношей для прихода. В 1999 году приход переехал в более компактное помещение, расположенное в жилом центре посёлка, где и находится по настоящее время.
Здание, в котором ныне располагается храм, было построено в 1950–1960-х годах и с 1999 года функционирует как церковь. Престол храма освящён во имя трёх святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого. 26 декабря 1993 года антиминс храма был освящён архиепископом Алма-Атинским и Семипалатинским Алексием (Кутеповым).
В храме хранятся частицы святых мощей святителя Николая, митрополита Алма-Атинского, преподобномучеников Серафима и Феогноста, святителя Тихона Московского, мучеников Вифлеемских младенцев и преподобномучеников Давидо-Гареджийской Лавры.
