Первое письменное упоминание о монастыре датируется 1298 годом.
Согласно преданию, основателем обители был благочестивый человек по имени Марк, который построил на своей земле часовню и уединился для молитв. Со временем к нему присоединились единомышленники, и обитель стала местом духовной жизни.
В 1633 году князь Лев-Самуил Огинский заложил новый Марков монастырь, построив Троицкую церковь и кельи для монахов. В 1642 году он закрепил за монастырём территорию имений Марково и Шидловщины.
В 1651 году игумен Каллист Риторайский построил Покровскую церковь. В конце 1680-х годов обе церкви сгорели. В 1690 году князь Симеон-Карл Огинский восстановил монастырь, построив деревянную соборную церковь Святой Троицы. Церковь была освящена 31 июля 1691 года.
В 1656 году Патриарх Московский и всея Руси Никон подарил монастырю от имени царя Алексея Михайловича список Казанской иконы Божией Матери, который стал одной из главных святынь обители.
В XVIII–XIX веках монастырь продолжал функционировать, однако в начале XX века был закрыт. В 1930-х годах монастырь был закрыт, а его здания использовались в различных целях.
В 2000 году монастырь был восстановлен и вновь начал действовать. В настоящее время он является действующим мужским монастырём Витебской епархии Белорусской православной церкви. При монастыре действует воскресная школа, приют для бездомных и трапезная для малоимущих.
Архитектурно монастырь представляет собой комплекс зданий, включающий соборную церковь Святой Троицы, церковь Казанской иконы Божией Матери, братский корпус и другие постройки. Церковь Святой Троицы является памятником архитектуры, выполненным в традициях белорусского деревянного зодчества. Церковь Казанской иконы Божией Матери была освящена в 2024 году.
