Свято-Рождество-Богородичный женский монастырь в Гродно основан на месте древнего православного Пречистенского собора, памятника Гродненской архитектурной школы XII века. Первоначально Пречистенский храм был деревянным, но к рубежу XV–XVI веков уже имел каменные стены. В 1565 году при храме существовал госпиталь для убогих и богадельня, содержавшиеся за счет отчислений из доходов королевских имений по распоряжению Сигизмунда II Августа и Стефана Батория.
В 1596 году после Брестской унии Пречистенская церковь в 1609 году была передана униатам. Около 1633 года при соборе поселились четыре монахини во главе с Василисой Сапегой из Вильно, что положило начало женскому базилианскому монастырю. В 1642 году униатский митрополит Антоний Селява передал монахиням дополнительную территорию к западу от храма.
Пожары 1647 и 1654 годов уничтожили древний Пречистенский собор. На его месте была построена деревянная церковь Рождества Богородицы с монастырскими помещениями, которые неоднократно страдали от пожаров и восстанавливались. В 1720–1751 годах по проекту итальянского архитектора Иосифа Фонтаны III возведена новая каменная церковь, поврежденная пожаром 1753 года и восстановленная к 1756 году.
После Полоцкого Собора 1839 года, утвердившего воссоединение униатов с Православной Церковью, в 1843 году базилианский монастырь был преобразован в православный Рождество-Богородичный женский монастырь. К 1848 году храм был капитально отремонтирован на пожертвования прихожан. В 1866 году построена вторая церковь в честь преподобного Сергия Радонежского.
В 1900 году монастырь был перенесен в урочище Красносток из-за стесненных условий в Гродно, но после Первой мировой войны сестры вернулись в Гродно. В 1960 году монастырь был закрыт советскими властями, а насельницы переведены в Жировичскую обитель. Помещения монастыря использовались под гараж ДОСААФ, а с 1977 года в них размещался Республиканский музей атеизма и религии.
1 июля 1992 года монастырь был возрожден как православная женская обитель. В 1993 году освящен восстановленный храм преподобного Сергия Радонежского, а в последующие годы монастырю были возвращены все здания и расписан Рождество-Богородичный собор. В главном храме монастыря пребывает чудотворный Владимирский образ Божией Матери, прославившийся мироточением в 1877 году.