Свято-Покровский женский монастырь в Верхотурье основан в 1621 году архиепископом Сибирским и Тобольским Киприаном (Старорусенниковым). Основание обители связано с указом царя Михаила Фёдоровича и патриарха Филарета об учреждении Сибирской епархии. Первоначально монастырь размещался за острогом Верхотурья и включал деревянный храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы и келии для десяти стариц. В 1622 году назначена первая игумения Анисия.
В 1651 году пожар уничтожил деревянные постройки монастыря. По челобитной игумении Марии царь Алексей Михайлович выделил средства на восстановление храма, который был освящён в 1687 году. В 1690 году при храме возведена деревянная колокольня и ограда. В 1740 году монастырь стал местом ссылки княжны Анны Алексеевны Долгорукой, сестры невесты императора Петра II.
В 1744–1753 годах при императрице Елизавете Петровне построен каменный Покровский храм, освящённый митрополитом Тобольским Сильвестром. На средства благотворителя Максима Походяшина в 1768 году возведена двухэтажная Иоанно-Предтеченская церковь. В 1782 году монастырь упразднён из-за отсутствия средств, а Покровский храм обращён в приходской.
В 1853 году указом Пермской духовной консистории при храме учреждена богадельня, преобразованная в 1896 году в Покровскую женскую общину. В 1898–1902 годах построена Ново-Покровская церковь. В 1914 году обитель посетила великая княгиня Елизавета Фёдоровна. Монастырь закрыт в 1924 году, возвращён Русской Православной Церкви в 1991 году.
В архитектурный комплекс монастыря входят Старо-Покровская церковь (XVIII век), Иоанно-Предтеченский храм (1768) и Ново-Покровская церковь (1902). Сохранились фрагменты монастырской ограды XVIII века. В обители находятся мощи блаженного Космы Верхотурского и чтимая икона Божией Матери «Умиление».