Свято-Покровский храм в селе Натырбово был основан в 1893 году. Первоначально жители села, преимущественно отставные нижние чины, получившие земельные наделы, построили деревянный молитвенный дом на столбах, освященный в честь Покрова Пресвятой Богородицы. В июне 1897 года к молельному дому был пристроен алтарь, который освятили 22 июня того же года. Это сооружение рассматривалось как временное, и уже в 1897 году были составлены планы и смета для строительства капитальной церкви.
В 1902 году на средства прихожан была построена новая кирпичная церковь с колокольней, освященная 30 сентября 1902 года. Храм функционировал до 1931-1937 годов, когда в ходе антирелигиозной кампании был закрыт, а затем разрушен. Богослужения в этот период совершались в частных домах верующих.
В 1950 году прихожане приобрели турлучное здание, которое переоборудовали под церковь. В 1965 году к зданию была пристроена звонница, что позволило официально признать его храмом. В настоящее время богослужения проводятся в приспособленном помещении, переданном верующим местными властями. Здание было освящено как Свято-Покровский храм, а прихожане предприняли усилия для придания ему соответствующего облика, включая сооружение главы и звонницы.
С 2000-х годов ведутся работы по возведению нового храма. В 2010 году началось строительство на новом месте, так как историческое место занято парком. Фундамент был заложен при участии местного казачьего общества, а стены возводились с использованием кирпичей от разрушенного в советское время храма, которые сохранились у местных жителей. К 2013 году основные строительные работы были завершены, и богослужения стали проводиться в новом здании, хотя внутренняя отделка продолжалась.