Благовещенский монастырь в городе Вязники был основан в 1641 году по указу царя Михаила Фёдоровича. Основанию монастыря предшествовало челобитье вязниковского старосты Ивана Мухина, поданное государю во время его посещения Вязниковской слободы для поклонения чудотворной Казанской иконе Божией Матери. Монастырь был устроен у подножия горы Венец, на берегу речки Выдерки, близ так называемых «убогих домов» – мест погребения безвременно скончавшихся.
Первые постройки обители, возведённые в 1643 году, были деревянными. В этот период построены церковь во имя Благовещения Пресвятой Богородицы с приделами преподобных Михаила Малеина и Алексия человека Божия, а также настоятельские и братские кельи. Земля, отведённая под монастырь, ранее принадлежала Ярополчью убогому дому.
В 1683 году на месте деревянных храмов началось строительство каменного двухэтажного собора. Верхний храм был освящён в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, нижний – в честь Трёх Святителей. Собор представляет собой пятиглавый храм с двумя ярусами апсид, выполненный в традициях архитектуры XVII века. Одновременно с собором был возведён каменный братский корпус.
В 1794 году над Святыми вратами монастыря освящена церковь в честь Всех Святых. К этому же периоду относится сооружение каменной ограды с четырьмя башенками. В 1916 году указом Священного Синода монастырь был преобразован в женскую обитель.
В 1920-е годы монастырь был закрыт. В 1930-е годы на его территории разместился льняной техникум, монастырская ограда с южными воротами была разобрана, а келейные корпуса переданы в жилой фонд. Благовещенский собор и Всехсвятская церковь были переданы музею, что способствовало их сохранению.
В 1990-х годах Благовещенский собор был возвращён Русской Православной Церкви и стал приходским храмом. 21 июля 1999 года архиепископ Владимирский и Суздальский Евлогий (Смирнов) благословил возрождение монастыря. Официальное возобновление монашеской жизни последовало 7 марта 2000 года по решению Священного Синода Русской Православной Церкви.