Село Никулино, ранее известное как Спасское-Микулинское, имеет древние корни. В 1678 году здесь существовала деревянная церковь во имя Преображения Господня, построенная стараниями Степана Борисовича Челищева. В клировой ведомости 1683 года упоминается храм Всемилостивого Спаса, вероятно, тот же самый. В 1704 году в селе Никулино была освящена новая каменная церковь в честь Спаса Нерукотворного Образа, относящаяся к усадебному комплексу, от которого до наших дней сохранились лишь остатки парка и пруда.
Архитектурно храм выполнен в стиле "нарышкинского барокко" и представляет собой тип "восьмерик на четверике". Крупная луковичная глава покоится на глухом гранёном барабане. Прямоугольные окна с мелкой расстекловкой украшены полуколонками с очельями тонкого рисунка. Во второй половине XIX века храм был расширен: к трапезной пристроили северный придел во имя великомученика Димитрия Солунского, сохранив при этом общий архитектурный стиль сооружения. Двухъярусная колокольня, выполненная в классическом стиле, была сооружена в конце XVIII века. Нижний ярус колокольни рустован, а ярус звона прорезан крупными арками с замковыми камнями. Каждая грань колокольни увенчана фронтоном, помещённым в основании прямоугольной тумбы, на вершине которой находится стеллообразная пирамида с золочёной главкой.
В 1862 году к Спасскому храму была приписана часовня в деревне Дмитрово, ранее относившаяся к Никольской церкви села Клёново. В 1896 году архитектор Николай Марков разработал проект расширения световой арки, соединяющей холодный придел с трапезной. В период с 1902 по 1906 годы в церкви были сооружены новые иконостасы.
После революции 1917 года и установления советской власти храм, как и многие религиозные сооружения, подвергся гонениям. В феврале 1923 года из церкви изъяли ценности. В 1930 году храм был закрыт, и более 60 лет он пустовал, подвергаясь осквернению и разрушению. В 1980-е годы была разобрана опора колокольни, что создало угрозу её обрушения.
В 1996 году полуразрушенное здание храма было возвращено верующим, и началась реставрация усилиями вновь созданной православной общины. Восстановительные работы завершились в 2001 году. В 2005 году возрождённый храм освятил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий.