Спасо-Яковлевский Димитриев монастырь основан в конце XIV века епископом Ростовским Иаковом. По преданию, святитель Иаков был изгнан из города паствой за помилование осуждённой на казнь женщины и поселился на берегу озера Неро, где срубил деревянный храм в честь Зачатия Пресвятой Богородицы. Вскоре вокруг храма образовалась монашеская община, положившая начало обители. После кончины епископа Иакова в 1392 году началось его местное почитание, а в 1549 году он был канонизирован Макарьевским собором.
Первым каменным сооружением монастыря стал Зачатьевский собор, возведённый в 1686 году по инициативе митрополита Ростовского Ионы Сысоевича на месте одноимённого деревянного храма. Собор был расписан ярославскими мастерами в 1689 году. В 1725 году к нему пристроили северный придел, освящённый во имя святых Иоакима и Анны, а в 1754 году переименованный в честь основателя монастыря — святителя Иакова Ростовского.
В начале XVIII века монастырь оказался под особым покровительством митрополита Димитрия Ростовского, который избрал его местом своего упокоения. После кончины святителя в 1709 году он был погребён в Троицком (Зачатьевском) соборе. В 1752 году при ремонтных работах в храме были обретены его нетленные мощи, что привело к канонизации Димитрия Ростовского в 1757 году и значительному увеличению числа паломников.
В 1795–1801 годах на территории монастыря был построен Димитриевский собор в стиле классицизма на средства графа Н.П. Шереметева. Храм освятили в 1801 году, а в 1804 году в нём устроили два придела: во имя святителя Николая Чудотворца и великомученика Димитрия Солунского. В 1824–1836 годах возвели Яковлевскую церковь, ставшую зимним храмом обители.
В XVIII–XIX веках монастырь приобрёл статус важного духовного центра. В 1834 году он был возведён в первый класс, а в 1836 году получил современное название — Спасо-Яковлевский Димитриев монастырь. В советский период, в 1928 году, обитель была закрыта, а её имущество передано Ростовскому музею. Возрождение монастыря началось в 1991 году.