Соборный храм апостола Иоанна Богослова в городе Волжском был основан на месте, где ранее располагалась церковь Николая Угодника, разрушенная в конце 1930-х годов. 21 июля 1991 года архиепископ Волгоградский и Камышинский Герман освятил место для строительства нового храма и заложил камень. В 1995 году началось возведение временной часовни в разборном вагончике, пожертвованном ОАО «Трубный завод», где 6 марта того же года состоялась первая служба.
Летом 1995 года был вырыт котлован и заложена капсула под алтарь. Проект храма разработан архитектором В.Ф. Кочетовым при участии организации «Зарубежпроект». Строительство первой очереди осуществлялось силами ТОО «Волгоградгидрострой». В 1997 году на Пасху в часовне прошло богослужение, которое посетили 150 человек. В 1998 году на Рождество Христово состоялась первая служба в нижнем храме, освященном в честь Благовещения Пресвятой Богородицы.
Основные строительные работы завершены к 2005 году. В мае установлен главный купол, а в ноябре — четыре малых купола. Верхний храм был введен в эксплуатацию к Пасхе 2005 года. В 2006 году завершена облицовка барабана верхнего храма керамической плиткой. В 2008 году создана наружная мозаичная икона апостола Иоанна Богослова, а в 2009 году завершена роспись иконостаса нижнего храма.
В 2013 году храм получил статус соборного по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла. При храме действуют воскресная школа, духовно-просветительский центр «Покров», детский центр «Прибавление ума», а также православные молодежные клубы. В храме ежедневно совершаются богослужения, перед которыми из алтаря выносится ковчег с мощами святых.