Первое упоминание о храме в селе Чубовка относится к 1769 году, когда была возведена деревянная Покровская церковь. Село основано в 1732 году в период строительства Новозакамской оборонительной линии. Первоначальное название поселения — Фёдоровка — связано с фамилией старшины отряда С. Фёдорова. Деревянный храм неоднократно подвергался пожарам и восстанавливался. К 1867 году приход насчитывал 1199 человек.
В 1930 году храм был закрыт советскими властями, здание использовалось как клуб, а около 1937 года разобрано на брёвна, из которых, по свидетельствам старожилов, соорудили конюшню. В декабре 2007 года по благословению архиерея Самарской епархии в Чубовке зарегистрирован приход в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Первые богослужения совершались во временном храме, обустроенном в вагончике.
Строительство нового кирпичного храма велось с 2009 по 2015 год. Храм двухпрестольный: верхний престол освящён в честь Покрова Пресвятой Богородицы 18 ноября 2017 года, нижний — во имя святителя Николая Чудотворца 6 февраля 2016 года. Архитектурный проект выполнен с включением трёхъярусной колокольни. На территории монастыря также возведены храм во имя святого Иоанна Предтечи (освящён 20 ноября 2018 года), келейный корпус, хозяйственные постройки и часовня на месте старого храма.
27 декабря 2016 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение об учреждении на базе прихода мужского монастыря. В 2014 году над почитаемым Покровским источником, известным с XVIII века, построена надкладезная часовня с купальней. Источник объявлен памятником природы регионального значения.